Reinstalando server hackeado

Saludos Gente del Foro

Ayer tuve un problema en uno de mis server:

Dual Xeon 2.66 HT server
WHM 11.23.2 cPanel
CENTOS Enterprise 5.2 i686

Justo al momento que estaba terminando el update del WHM entraron con acceso root......

Eliminaron todo y dañaron el WHM

El soporte de Cpanel se porto perfectamente, un ingeniero ingreso por ssh para tratar de restablecer el sistema, pero el daño era mucho.

Resultado: Reinstalar S.O. Cpanel.... todo

Ahora bien, como hace pocos dias habia cambiado a este server, en el Datacenter de casualidad pura, tenian el disco del viejo de donde habiamos migrado al nuevo server, entonces les pedi que por favor me cargaran la info en los discos para tratar de migrarlo.

Aqui surge el problema, me cargaron el contenido en varias carpetas en la raiz y casa cliente en subcarpetas

Entonces en la raiz tengo

bin
dev
etc
etc
etc
etc
carp1 - data viejo server
carp2 - data viejo server

Dentro de cap1 y cap2 estan las carpetas con los ID de mis clientes o sea sus sitios, ok, todo bien pero..... como hago para instalar o tratar de restablecer esas carpetas en el server?????

He migrado de server a server de cpanel a cpanel y todo eso, pero nunca me ha tocado esto (siempre hay una primera vez)

Aparte no estar comprimidas ni nada son carpetas y dentro la data.......

Hay que comprimir las carpetas como .tgz y luego moverlas a algun lugar donde pueda leerlas el whm??

Alguna ayuda porfa me urge reactivar las cuentas en el server

Desde ya muchas gracias!!!